En un día como mañana, 24 de abril de 1521, eran degollados  los jefes de las milicias ciudadanas. El día antes la caballería imperial había destrozado, entre una  lluvia bíblica, a la infantería y artillerías comuneras. Tras un simulacro de juicio, Padilla, Bravo y Maldonado eran ejecutados, sus cabezas cortadas y puestas en picas para ser colgadas en garfios en el rollo de Villalar. Según publicaba el pregonero, que precedía a las mulas cubiertas de negro,  la justicia de su Majestad, su Condestable y los gobernadores en su nombre consistía en «degollar  por traidores y alborotadores de pueblos y usurpadores de la  Corona real». Terminaba  el tiempo de los líderes y comenzaba el tiempo de los represores, maniobreros y arribistas. Para ensalzar la victoria, Carlos I levantaría en Toledo la Puerta de Bisagra, en la entrada de la ciudad,  como símbolo de su triunfo.
Juan de Padilla había salido de Toledo  con la milicia, reclutada y armada por la ciudad. Al mando de la artillería Padilla colocó a otro toledano, Saldaña, que se había distinguido por su lenguaje revolucionario  en las asambleas ciudadanas. Solo que sabía poco de artillería y en la batalla de Villalar huyó, dejando las piezas en medio de  barbechos embarrados. La marcha de Padilla de la ciudad había sido una fiesta. Las gentes se agrupaban para verlos pasar, gritaban y extendían las manos para tocar las ropas de Padilla. Un ídolo de masas. Su mujer no había querido acompañarlo. Se habían despedido en la casa. Una cierta sensación de tragedia había convertido el encuentro en una reunión cargada de presagios. Juan había puesto el optimismo, el resto, un inquieto estado de tristeza.
Con la derrota de los Comuneros finalizaba la revuelta de las ciudades de los reinos de Castilla contra los abusos de la nobleza, los modos autoritarios de un rey venido de fuera, la subida de impuestos  para la  empresa imperial del rey y el expolio de riquezas  por los nobles flamencos que le habían precedido. Las ciudades, que buscaban su autonomía y no estar sometidas a la explotación de la nobleza, sucumbían en su rebelión y en el deseo de disponer de una Corona en contacto con los intereses de los reinos. No tuvieron claro el éxito pero lo intentaron, sabedores de que la razón estaba de su parte. Pero la razón se proclama cuando ya no es necesaria. Ocurría hace quinientos años.