El pasado año la Confederación Hidrográfica del Tajo publicó un informe sobre el estado ecológico y químico del río, con datos de muestreo de tres años diferentes. Los últimos recogidos, correspondientes 2015, corroboran que los peores tramos de contaminación están en el Tajo Medio. Los puntos en rojo, los de calidad mala del agua, se concentran entre los términos de Fuentidueña del Tajo y Toledo. Los tramos de La Puebla de Montalbán a Puente del Arzobispo aparecen marcados en color amarillo, el intermedio.

El informe de la Confederación del Tajo recoge que esta situación del río en su tramo medio refleja presiones como «los vertidos de aguas residuales de Madrid, la dedicación de la cabecera del Tajo a las demandas de otras cuencas y la retención de afluentes del sistema central para abastecimiento de la Comunidad de Madrid».

Para encontrar tramos del Tajo marcados en verde, que no es el mejor estado de los posibles, pero ya se considera como ‘bueno’, hay que ir a su nacimiento. En este color se marca el paso del río por Peralejo de las Truchas (al este de la provincia de Guadalajara) y por Trillo, justo antes del embalse de Entrepeñas en la cabecera.

La mejor calificación de la cuenca, la de calidad muy buena del agua solo se observa en algún  afluente y en las zonas de sierra. En azul está, por ejemplo, el río Huso y algún tramo primero del Alberche, porque después acaba pasando a color amarillo, es decir, a calidad moderada. El Gévalo y el Pusa vienen en verde, de calidad buena. Con valores deficientes está el Guadarrama y entre deficientes y moderados el Algodor. El Jarama viene marcado por el naranja deficiente y el Tajuña por el color rojo, de calidad mala.